Köyün eski adı, Gedil'dir. Kurtuluş Ssavaşı yıllarında köyün gençleri "Gidik Burnu" denilen bir mevkide sırayla köyün içme suyunu sağlayan depoda nöbet tutarlar. Suyun zehirlenmesi gibi bir ihtimal olduğu için tutulur bu nöbetler. İlerleyen zamanlarda köy gelişmiş, farklı bölgelerden göç almış, şavaştan sonra "Gedik Burnu", "Gedik" ismini almış, ilerleyen zamanlarda bugünkü ismi olan Pınarkaya köyü olmuştur. Köyün ilk kurulumu, Sultan dağlarının eteğidir. Zamanla köy, ovaya yerleşip yaşantısına hem dağ eteğinde hem Konya yolu üzerinde hem de ovada devam etmektedir. Ayrıca köyün içinden geçen yoldaki viraj, Konya ovasının sonlanıp Ege'nin tipik yol ve iklimine bir geçiş gibidir.
Köyün ilk kurulumunda, yörük obaları hakimdir. Hayvanlarını otlatmak için mevsime göre göç eden obalardan bir gurup yerleşik hayata geçmiş ve köyü kurmuştur. Köy, mevki olarak hem sulak hem verimli arazilere sahip olduğu için yerleşik hayat başlamıştır.
Köyde, eski medeniyetlerden Roma ve Bizans İmparatorluğu yaşadığı bilinmektedir