Göynük kelime anlamı olarak ; Güneş'te yanmış,acısı olan, elemli,üzüntüden ağlar duruma gelmiş, kızarmış, hicran, ıztırap, keder ve hararet gibi anlamlara gelmektedir. Köyün adı hakkında köy yaşlılarının anlattığı hikayelerde de Güneş'te susuzluktan bitap düşmüş insanların (inanışa göre evliyaların) bu bölgeden geçerken su bulmaları (bu bölge bugün Karakuyu olarak adlandırılır)işlenmektedir.Kelime anlamı ile anlatılan hikayelerin özdeşleştiği düşünüldüğünde hikayelerin gerçekliği ihtimal dahilindedir. Friglerin Afyon ve çevresinde bin yıl kadar yaşadıkları ,Afyonkarahisar, Kütahya ve Eskişehir illeri arasında kalan bölümde yer alan bölgeye Frig Vadisi denildiği düşünüldüğünde, bölge içersinde kalan Göynük köyü civarında da önemli frig kentleri kurulmuş olduğunu tahmin edilebilir.Tarihi kaynaklar ve bu bölgelerden çıkarılıp Afyon müzesinde sergilenen bazı eserler bu fikri ispatlamaktadır.Yine köye çok yakın olan ve bugün Kocaöz diye bilinen yerde antik Anabura kenti kurulmuştur. Köyde bulunan tekke de köyün tarihinin yine çok eskilere dayandığını göstermektedir.Köyde bulunan tekke, Yargeldi Sultan (Köydeki nanışa göre Akşemsettin)tarafından kurulmuştur.Yargelgi Sultan ;Osmanlı dönemi vesikalarında İnlice köyü ( bügün kü adı ile seydiler)'nün kurucularından 13.yüzyılda yaşamış ,Hacı Bekdaş Veli'nin öğrencilerinden seyyit Hasan Basri Hazretlerinin yakın arkadaşıdır.