Hindibaba köyü , Diyarbakır 1515 yılında Yavuz Sultan Selim tarafından fethedildikten üç yıl sonra 1518 de hazırlanan "Tahrir Defteri" nde ismi geçmemiştir. 1526 yılında hazırlanan "Tahsir Defteri" nde kendisinden bahsedilmeye başlanmıştır. Buda demek oluyor ki Hindibaba Köyü 1518 ile 1526 yılları arasında kurulmuştur. Yani beş yüz yıllık bir geçmişe sahiptir. 1526 yılındaki belgede köyde beş dervişin olduğu ve köyün ziraat yerlerinin az olduğunu bu beş dervişin 200 baş koyunu olduğu vevergiden muaf tutulduğu, bu 5 dervişin Hindibaba zaviyesinde zaviyedar oldukları tespit edildiğinden dolayı vergiden muaf tutulmuşlardır.

Ayrıca 1566 yılındaki "Tahrir Defteri" nde de Hindibaba köyünden bahsedilmiştir. İçinde şu bilgiler vardır : Hindibaba köyünde oturan beş derviş vardır. Hindibaba köyü dağlık, taşlık olduğundan dolayı ziraat yerleri yoktur. Sadece bir çiftlik yerleri vardır. Ve buda vergidem muaf tutulmuştur. Ancak Hanözü köyünde yaptıkları ziraat için vergi ödeyeceklerdir. Ve köylerinin dışında yapacakları ziraat için öşür ve vergi ödemeleri karara bağlanmıştır. Ayrıca bu beş dervişin isimleri şunlardır : Mehmet, Hasan, Hıdır, Çoğar Baba, halk arasındaki adı Kankol oğludur. Mezarı Baba dağındadır. Örnek Tepede yatan zatın mezarı 10m. uzunluğundadır.

Rivayetlere göre Hindibaba Köyü Hindistan'dan göç edip gelen üç kardeş tarafından kurulmuştur. Diğer bir rivayete göre ise kardeşlerden bir tanesinin adı Hindi imiş. Ona Hindi Baba deniliyormuş. Onun adını köye takmışlardır.