Eski ismi Elyos olan köyün adı, Cumhuriyetin kuruluşu ile birlikte "Malkaya" olarak değiştirilmiştir. Köy bu yeni ismini köye tepeden bakan bir dağın isminden almıştır. Köyün kuruluşuna ilişkin çok detaylı bilgiler olmasa da köyün varlığına dair yazılı bilgiler Yavuz Sultan Selim dönemine ait kanunnamelerde bulunmaktadır.