Köy ve çevresi m.ö.1500 yılından ihtibaren yerleşik hayata geçmiş olup,bu dönemde Hititlerin hakimiyetinde olduğu,daha sonra Mö.1200-600 yıları arasında Frigyalılar döneminde tarım ve hayvancılıkta oldukça ileri oldukları anlaşılmaktadır.Bu dönemlere ait oldukça faza kaya mezarları ve küp mezarlar mevcuttur.Köy mezarılında bulunan mermer kabartma Kıbele sunağı bereket Tanrıçası'na şükran amacı ile yapılmış bir kabartma olup,bereketi temisil eden,üzüm salıkımı ve üremeyi temisil eden inekten oluşmaktadır. Yörenin daha sonra Persler tarından yağmalandığı,uzun süre boş kaldıktan sonra Roma imparatorluğu eğemenliğine girdiği,Roma'ın ikiye ayırılması ile birlikte Doğu Ramaya bağlı Amorium'a tabi olduğu bilinmektedir.Amorim o günün şartlarında İstanbul'dan sonra ikinci büyük şehirdir. Şehir gücünü Büyük Selçuklular dönemine kadar südürmüştür. Selçuklu komutanlarından Emir Afşin Bey bölgenin fethi ile görevlendirilmiş olup arkadaşları ile birlikte 11.yüzyılın ortalarında Bizans'tan yöreyi almış ve böylece Amorim'a bağlı yererde Türkleşmeye dahil edilmiştir.Andolu Selçukları döneminde 1.Haçlı Seferinin en kanlı çarpışmaları 1.Kılıçarslanla haçlılar arasında köy ve çevresinde yaşanmıştır.(Dorileum savaşından hemen sonra 1095-1099)Selçuklar ve Osmanlılar dönemlerinde köy ve çevresi kervan yolları üzerinde yer almakta olup,derbentçilerin görev yaptığ güvenlik merkezleri bulunmaktadır. Köyün adı daha önceleri Çavuslu Kışla iken daha sonra Çaykışla olarak değistirilmiştir. Köy çevresinde önceden küçük askeri birlik varmış. Onun için Çavuşlu kışla olarak anılırmış. Ortasından akan çay nedeniyle de çaykışla adını almıştır.