Köyün geçmişinin 1700-1800'lü yıllara dayandığı söylenir. Köyü kuran ve yerleşenlerin o yıllarda Erzurum - Gümüşhane civarından geldikleri söylenir. Efsaneye göre köyü 4 kardeş (Yasin, Emin, Osman ve Köroğlu) kurmuştur. Halen, Osman hariç, diğer üç kardeşin soyundan gelenler köyde yaşamlarına devam etmektedirler.

Nüfus kayıtlarında köyün eski adı Sığek Sufla olarak geçmektedir. Sığek kelimesi Ermenice'dir. Ermeniler'in geçmişte bu köyde yaşadığı söylenebilir. Yerleşim bakımından iki ayrı yerde eski kalıntılar bunu gösterir. Bir rivayete göre, kırmızı topak bakımından zengin olması ve çanak yapılması nedeniyle bugünkü Çanakça adını almıştır. Bir diğer rivayete göre köyün görünümü bir çanağı andırdığı için ismi de buradan gelmiştir.

Köyde birçok mağara bulunmaktadir. Ayrıca İpekyolu'nun tali bir yolu civardan geçmektedir. Yavuz Sultan Selim'in 1514 Çaldıran Savaşı'ndan sonra Doğu Anadolu Bölgesi Osmanlı Devleti eğemenliğine girmiştir. Dolayısıyla köy Osmanlı döneminde kurulmuştur.

Bazı kaynaklara göre köyün geçmişi 1763 yılına kadar gider. Bazı belgelerde köye Acemlerin geldiği görülmektedir. Köyde halen Acemlere ait eski Ermeni mezarlıkları bulunmaktadır ve bu mezarlıklar üzerinde bugün köylüler tarafından çift sürülmektedir. Oysa eski iz ve amerelerden de anlaşıldığı üzere Acemler çok büyük çanak ve çömlek ustaları diye nam salmışlardır.