Köyün kuruluş tarihi bilinmemekle birlikte Anadolu Selçuklu Devleti döneminde Anadolu’ya göç eden Türkmenler tarafından bu bölgenin yerleşim yeri olarak seçildiği tahmin edilmektedir. Sahildeki yerleşim birimlerinin aksine Bağyüzü Köyü’nün ilk kurulduğu günden beri Türk köyü olduğu bilinmektedir. Köyün güneybatısındaki “Koca Avlu “ mevkiinde eskiden kalma mezar taşları olması sebebiyle ilk yerleşim yerinin bu bölge olduğu sanılmaktadır. Daha evvel İzmir İli Bergama İlçesi’ne bağlı olan köy 1941 tarihinde Ayvalık ilçesine bağlanmıştır. Köy halkının birçoğu yerli olup Umurlar adlı bir köyde başlayan salgın hastalık sonucu Bağyüzü Köyü’ne göç edenlerin de burada kalıp köylülerin arasına karıştığı söylenir. Ayrıca Çanakkale İli Yenice İlçesi’nden çalışmak amacıyla gelip köyde kalan küçük bir grup ta mevcuttur.

İl ve ilçe ile bağlantısı
Bağyüzü Köyü; Balıkesir-Ayvalık İlçesi’ne bağlı olup ilçeye 33 Km. uzaklıktadır ve bu yolun tamamı asfalttır. Daha evvel yer yer bozulmaların görüldüğü yol, 2006 yılı yazında yenilenerek ulaşımın rahat yürütülmesine olanak sağlanmıştır. Yolun panaromik görüntüsü özellikle dikkat çekmektedir. İlçe ile Bağyüzü Köyü arasında sırasıyla Yeniköy, Tıfıllar ve Hacıveliler köyleri vardır. Köy muhtarlığına ait midibüs, Pazar günleri hariç her gün sabah köyden hareket edip akşam dönerek ilçe ile bağlantıyı sağlamaktadır. Alternatif olarak Kozak-Bağyüzü tabelasıyla faaliyet gösteren özel bir midibüs ve öğretmen servisi de ilçe merkezine kadar ulaşmaktadır. Ayvalık-Balıkesir yolu ise 122 Km. olup tamamı asfalttır. Ayrıca İzmir İli Bergama İlçesi de köye yaklaşık 45 Km. uzaklıkta olup şehirleşmenin daha yoğun olması sebebiyle köylüler alışveriş, sağlık gibi nedenlerle buraya da gidiş-geliş yapmaktadır.

Bağyüzü Köyü bir tarım köyüdür. Köyün esas gelir kaynağı Fıstık, Zeytin ve Üzüm üretimidir. Çam fıstığı Latince adı Pinus Pinea olan Fıstık Çamı ağacının yörede Kozak adı verilen kozalaklarından elde edilir. Kozaklar yılbaşından sonra toplanmaya başlanır.Köyde üretilen diğer önemli ürün üzümdür.