Ayvalık, Antik Çağ'da bir tür yabani ayva anlamına gelen Kidonia olarak anılıyordu. Bölgeye ilk yerleşenlerinin Midilli'nin Kydona köyünden ya da Girit'in Kydonies bölgesinden gelmiş olabilecekleri düşünülmektedir. İsim konusunda bazı görüşler de Ayvalık'ın Aioliki'nin Eolya'nın) bozulmuş şekli olduğudur. Ayvalık anlamına gelen Kydonie ismi ise, MÖ 330'dan beri süregelmektedir.